在荧光显微镜紫外光的照射下观察的玻片标本，一种是自发荧光的如叶绿素、血红素等；另一种诱发荧光，是经过荧光染料的染色后，紫外照射发出荧光的。因此，荧光显微镜常与免疫组织化学和切片技术相互结合应用于科研、检验等多个领域。
1、荧光显微镜的成像原理:
（1）首先荧光显微镜使用的光源能够发出强烈的紫外线，经过激发滤色镜，过滤掉一部分光源当中的可见光。
（2）接着通过聚光镜将紫外光聚焦于样品，诱发样品上的荧光物质发射荧光。
（3）最后经过物镜后的阻断滤色镜，阻止所有的紫外线通过，只允许通过诱发的荧光通过。
2、荧光显微镜的不同类型和基本结构
（1）荧光显微镜的两种不同类型：
透射式荧光显微镜，它和普通光学显微镜类似，光源是从镜座出发经过聚光镜到达样品激发荧光后通过物镜，最后到达目镜。
另一种是最常见的落射式显微镜，大部分的荧光显微镜也是采用这种类型。它的光源是通过物镜落到样品上，激发荧光以后再发射回物镜，最后到达目镜。
不论是透射式的荧光显微镜还是落射式的，它们的光源都要经过激发滤色镜过，滤掉一部分的可见光。激发样品发出荧光后，还要经过阻断滤色镜，过滤掉一部分多余的激发光。最终，这使得我们观察到的是荧光物质染色部分所发出的荧光。
（2）荧光显微镜的基本结构：
光源：超高压汞灯（Mercury lampe），可以产生强光照，含有大量的紫外光和蓝紫光。
滤片系统。荧光显微镜也有卤素灯（Halogen）提供自然光源，具有和普通光学显微镜相同的功能。
激发滤色镜(Exciter filter)：过滤光源中一部分可见，提供一定波长的激发光。
阻断滤色镜(Emission filter)：透过相应波长范围的荧光，阻断或者吸收剩余的激发光。
二向分色镜(Dichroic mirror)：透过长波光线和反射短波光线的功能
孔径光阑(Condenser Aperture diaphragm A)：孔径光阑是决定显微镜像的分辨力和反差的重要光学部件之一
视场光阑（Field diaphragm F）：视场光阑的作用是控制标本照明区域的大小，阻止对于像的形成所不需要的光线进入标本。
激发光转换器：又称镜臂旋转台，旋转台为一个圆盘形的结构，上面有5个定位标志：U、V、B、G分别代表不同的荧光激发方法以及不同的滤色镜组合。
荧光显微镜分为落射式和透射式的，一般市场上常见的是落射式的，透射式是比较老式的了。